港九小輪目前擁有一支由22艘渡輪所組成的船隊。渡輪可按船體大小、載客量以及航速分為不同級別，滿足不同航線的要求，為乘客提供安全及舒適的渡輪服務。
港九船隊
海安級
型號 ： 32米高速雙體船
長度 ： 32米
闊度 ： 8米
載客量 ： 402-413人
最高航速 ： 每小時24海浬
海耀級
型號 ： 32米高速雙體船
長度 ： 32米
闊度 ： 8米
載客量 ： 390-399人
最高航速 ： 每小時24海浬
港九1
型號 ： 40米高速雙體船
長度 ： 40米
闊度 ： 10.5米
載客量 ： 450人
最高航速 ： 每小時25海浬